元至元二十四年(1287年),开始修建。
元皇庆二年(1313年),修建崇文阁。
元至正二十五年(1365年),朱元璋以元朝故集庆路儒学为国子学。
洪武五年(1372年),实行监生实习历事制度。
洪和担炒永武八年(1376年),设立中都国子学。
洪武十五年(1378年),改国子学、中都国子学为国子监、中都国子监。
洪武二十六年(1389年),革除中都国子协茅翻监。
明永乐二年(1404年),恢复国子监名称。
明永乐十九年(1421年),迁都北京后,以北京国子监为京师国子监,原来的京师国子监改为南京国子监。
明嘉靖七年(1528年),修建敬一亭。
清阿习汽妹乾隆四十八年(1783年),开始修建辟雍殿。
清乾隆五十道再兰年(1785年),辟雍殿及琉璃牌楼、碑亭、钟鼓亭历时二年竣工淋姜建成。同年,乾隆亲临辟雍讲学。
清光绪三十一年(1905年),清末改革学制,设置学部,国子监裁废,其教育行政功能并入学部。
民国元年(1912年),中华民国政府教育部在国子监原址设立国立历史博物馆筹备处。
民国七年(1918年),国立历史博物馆筹备处迁址到故宫的端门与午门。
1956年,辟雍殿作为首都图书馆。
2005年,首都图书馆迁出。
2006年,孔庙和国子监成立北京国子监和孔庙管理处。
2008年,孔庙和国子监博物馆挂牌并正式对外开放。同年被命名为东城区爱国主义教育基地。
2010年,“孔庙和国子监博物馆学术委员会”成立。
2012年,孔庙和国子监博物馆被命名为北京市爱国主义教育基地。